El recién nombrado DT de la Selección Mexicana ha tiene una gran historia y recorrido a nivel de clubes, además que ha logrado grandes hazañas con los equipos en los que ha dirigido, el último de ellos llegar a la final de la Copa Del Rey, sin embargo, no es tan satisfactoria su historia en la Selección Mexicana ya que los resultados no han sido los mejores en sus dos etapas anteriores.
Primera etapa con el tricolor
Su primera oportunidad en el Tricolor llegó el 1 de julio del 2001 en contra de la selección de Estados Unidos, partido que se jugó en el Estadio Azteca arrojando un resultado favorable de 1-0 con gol de Jared Borguetti.
Posterior a esto enfrentaron a Honduras a quienes vencieron 3-0 en el Azteca y con ello lograron calificar al Mundial Corea-Japón 2002.
Terminando la clasificatoria, Aguirre enfrentó el compromiso de Copa América en 2001 la cual se disputó en Colombia, en este torneo logró llegar a la final misma que perdió en contra del anfitrión.
Para el 2002, Aguirre disputó la Copa Oro donde aprovechó para probar varios jugadores que buscaba incorporar a la Copa del Mundo, jugadores como Jair García, Adolfo Bautista y Carlos Ochoa, sin embargo dicha decisión no fue favorable y que en este torneo de Copa Oro fueron eliminados en la fase de cuartos de final ante Corea del Sur.
Ya en la Copa del Mundo la participación fue interesante ya que el futbol desplegado fue bueno pero en la fase de octavos de final fueron eliminados por Estados Unidos, en este partido fue expulsado Rafael Márquez ante la desesperación de no lograr mover el marcador a su favor, ahora Márquez es su auxiliar en la selección mexicana, a raíz de esta participación Aguirre fue nombrado ganador del Premio Nacional de Deportes por la CONADE en la categoría de entrenador como reconocimiento a su trayectoria.
Segunda Etapa con el Tricolor
En la segunda etapa con el combinado tricolor, se incorporó un 16 de abril de 2009 con contrato hasta finalizado el Mundial del 2010.
El 9 de julio del 2009, disputó un partido vs Panamá en la Copa Oro, donde Javier sería blanco de críticas debido a que pateó a un jugador panameño al minuto 80 de juego provocando una pelea. Ya en conferencia de prensa Aguirre aseguró que nunca tuvo malas intenciones ya que su intención era detener el balón que viajaba por esa zona, a consecuencia de esto fue suspendido tres partidos por la CONCACAF, sin embargo a pesar de esto, la selección mexicana lograría ganar la Copa Oro contra Estados Unidos por marcador de 5-0
Ya en el Mundial, México lograría pasar la fase de grupos y enfrentó a Argentina en la fase de octavos de final donde fue eliminado por los sudamericanos por marcador de 3-1.
Torneos y campeonatos
En los 5 campeonatos que disputó Javier Aguirre como Director Técnico de la selección mexicana solo logró coronarse campeón en la Copa Oro 2009 en contra de Estados Unidos.
Copa América vs Colombia Subcampeón
Copa Oro 2002 Cuartos de Final
Copa Mundial 2002 Octavos de final
Copa Oro 2009 Campeón
Copa Mundial 2010 Octavos de Final
Dirigiendo a la selección mexicana disputó 59 partidos de los cuales ganó 36, perdió 13 y empató 10 arrojando una efectividad de 61% victorias, 22% derrotas y 17% empates.
Sumado a lo anterior, en sus Mundiales ha generado controversia por convocar a jugadores que no estaban en su mejor momento y que han asistido más por «homenaje» que por rendimiento deportivo, uno de los casos fue la del actual auxiliar de la selección mexicana, Rafael Márquez, por lo que, para el siguiente Mundial seguramente Guillermo Ochoa sea el titular de la selección cumpliendo su tradición de respetar jerarquías.
